Bei einer Lebensmittelunverträglichkeit kommt es zu ähnlichen körperlichen Anzeichen wie bei einer allergischen Reaktion. Beide können sich beispielsweise in einem Ausschlag, Blähungen, Dünnschiss oder Magenschmerzen konstatieren. Der bedeutendste Unterschied zwischen einer Lebensmittelallergie und Nahrungsmittelunverträglichkeit liegt in den Reaktionen des Körpers. Indes bei der Allergie das köpereigene Abwehrsystem schadensbegrenzend gegen bestimmte Stoffe eines Nahrungsmittels wirkt und Immunglobuline bildet, kommt es bei der Nahrungsmittelunverträglichkeit nicht zu einer Abwehrreaktion des körpereigenen Abwehrsystems.

Hierbei wird allerdings vermutlich ebenso Histamin ausgeschüttet, welches die physischen Abwehrreaktionen hervorruft. Der exakte Verlauf bei einer Nahrungsmittelunverträglichkeit ist jedoch bisher noch immer nicht vollständig entschlüsselt. In den meisten Fällen einer Unverträglichkeit fehlen dem Menschen gewisse Biokatalysatoren, woraufhin die Verarbeitung einzelner Bestandteile der Nahrung erschwert oder verhindert wird. Die schwerwiegendsten Ausprägungen von einer Unverträglichkeit von Nahrungsmittel sind Kohlenhydratmalabsorption und Sprue, da die darunter Leidenden ihre ganzen Essgewohnheiten umstellen müssen. Das Ferment Laktase ist für die Verarbeitung der Milch beziehungsweise die Absorption der Lactose zuständig. Fehlt dieses Ferment, so kann die Laktose nicht verdaut werden und schafft im Magen-Darm-Trakt einen optimalen Brutplatz für aggressive Bakterien. Diese Bakterienanhäufung führt dann letztendlich zu Übelkeit, Dünnschiss sowie Flatulanz. Um zu sehen, ob es sich hierbei um eine Unverträglichkeit oder tatsächlich eine Allergie gegen Milch handelt, bei welcher sich die körperlichen Beschwerden gleichen, wird ein Allergietest gemacht. Betroffene einer Laktoseunverträglichkeit sollten auf milchzuckerfreie Milch zurückgreifen oder spezielle Laktase-Tabletten einnehmen. Handelt es sich allerdings wahrhaftig um eine Milchzuckerallergie, so müssen Milcheiweiße gänzlich vom Speiseplan gestrichen werden. Gluten ist ein Bestandteil, der vorwiegend in Weizen, Hirse und überhaupt in Getreide vorkommt. Deshalb ist das Leiden unter anderem als Weizenallergie bekannt. Ebenso geläufig sind die Termina Zöliakie oder Sprue. Bei einer Unverträglichkeit von Klebereiweißen bzw. Gluten wird die Mukosa des Dünndarms beschädigt. Es kommt zur Verkümmerung der Darmzotten, welche für die Aufnahme von Vitaminen und Mineralstoffen verantwortlich sind. Typische Symptome sind Mattigkeit, der Verlust von Gewicht, Dünnschiss und Brechreiz. Als Möglichkeit für eine Besserung gilt nur ein dauernder Verzicht auf klebereiweißhaltige Nahrungsmittel. Betroffene Personen können aber zum Beispiel versuchen auf Mais- , Oryza- und andere alternative Getreidesorten umzusteigen.